Владельцу холдинга «Русагро» Мошковичу предъявлены обвинения по ч. 4 ст. 159 УК РФ (мошенничество в особо крупном размере) и ч. 2 ст. 201 УК РФ (злоупотребление полномочиями),
В 2018 году Мошкович приобрёл 85% акций «Солнечных продуктов» и начался вывод средств, что, по данным СМИ, могло привести к банкротству компании. Руководство аграрных предприятий обратилось в Генеральную прокуратуру.
Также Мошкович фигурировал в конфликте вокруг стратегического завода «Машиноаппарат». Он, вероятно, планировал застройку участка, на котором находилось предприятие, поставлявшее продукцию для космической и газовой отраслей.
Ещё один эпизод связан с бывшим владельцем СоБинбанка Сергеем Кириленко. В 2008 году, после финансовых трудностей банка, Мошкович, как считается, получил контроль над акциями и земельным участком в Коммунарке.
Отдельно расследуются высказывания Мошковича, сделанные после введения санкций, с критикой в адрес российских властей. Материалы дела могут быть квалифицированы по ст. 284.2 УК РФ (дискредитация органов государственной власти).